Tests de microbiote : ce qu’en disent vraiment les spécialistes

1. De quoi parle-t-on ?

Vous commandez un kit, vous prélevez un peu de selles chez vous, vous renvoyez l’échantillon, et vous recevez quelques semaines plus tard un rapport décrivant les bactéries de votre intestin. De nombreux rapports vont plus loin : ils classent les bactéries en « bonnes » ou « mauvaises », comparent votre profil à une population de référence, attribuent un score et proposent des changements alimentaires, parfois accompagnés de compléments vendus par la même entreprise.

Deux techniques dominent. La première lit un code-barres : toutes les bactéries possèdent un même gène, dont une petite portion varie d’une famille à l’autre. On la recopie, on la lit, on cherche à qui elle correspond dans un catalogue. C’est rapide et peu coûteux, mais grossier : on reconnaît le rayon du supermarché, rarement le produit exact. La seconde lit beaucoup plus largement l’ADN récupéré dans l’échantillon : elle est plus coûteuse, fournit davantage d’informations et peut distinguer plus finement les bactéries. Cette meilleure résolution ne résout toutefois pas les problèmes d’interprétation décrits ci-dessous.

2. Trois expériences, un même constat Confiance élevée

Trois équipes indépendantes, avec des protocoles différents, ont retrouvé le même problème général de comparabilité.

En France : cinq laboratoires, un échantillon

Des microbiologistes des CHU de Poitiers et de Brest, avec un groupe de travail réunissant Nancy, Limoges, Lille, Bordeaux, Lyon et l’AP-HP, ont sélectionné en juin 2024 cinq laboratoires français proposant une analyse de microbiote sans consultation préalable, par une simple recherche sur Internet, comme pourrait le faire un patient. Un échantillon de selles soigneusement mélangé, préparé à partir de la contribution de trois donneurs, a été divisé en cinq parts identiques et envoyé à chacun^[1].

• Le chiffre censé résumer la richesse en bactéries s’étale de 3,64 à 6,11 selon le laboratoire. Les auteurs jugent cet écart biologiquement invraisemblable pour une matière unique et mélangée.
• Les interprétations se contredisent : certains concluent à un équilibre, d’autres à une dysbiose, sur la même matière.
• Les rapports font de 9 à 36 pages, avec des allégations de santé que les auteurs jugent non étayées.
• Aucun laboratoire n’a fourni les données brutes produites par ses machines, ni au client ni aux chercheurs qui les ont demandées.

Les auteurs relèvent aussi plusieurs manquements de conformité, notamment concernant le triple emballage réglementaire, l’identification nominative d’un biologiste médical et la mention d’une sous-traitance. Ils estiment que la relation entre laboratoire d’analyses et société pharmaceutique fait craindre un conflit d’intérêts. L’étude a été financée par une subvention de la Société française de microbiologie, qui n’est intervenue ni dans sa conception ni dans l’analyse. Les cinq laboratoires ne sont pas nommés.

En Europe : six kits, un échantillon

Un an plus tôt, un consortium européen avait expédié le même jour un échantillon unique à six services disponibles en Europe, dont quatre achetés directement en ligne et deux sur le site de laboratoires d’analyses médicales, aucun ne réclamant d’ordonnance. Vingt et un experts de huit pays ont examiné les rapports^[2].

La diversité bactérienne est jugée excellente ou bonne par trois kits, moyenne par deux, défavorable par un. Faecalibacterium est rapporté à 14,16 % et qualifié d’élevé dans un rapport, à 8,41 % et qualifié de faible dans un autre. Un même rapport recommande de réduire l’ail à cause d’une bactérie, puis d’en consommer à cause d’une autre. Des commentaires portent sur des substances bénéfiques que les bactéries fabriquent dans l’intestin, alors qu’aucune n’a été mesurée.

Aux États-Unis : sept entreprises, trois envois chacune

L’institut national américain des normes, le NIST, a utilisé une matière de référence : des selles mélangées et stabilisées, préparées comme étalon officiel, à la manière d’un poids de référence utilisé pour vérifier une balance. Il a commandé trois kits auprès de chacune des sept entreprises, sous des adresses personnelles : elles n’ont appris l’existence de l’étude qu’après avoir rendu tous leurs rapports^[3].

• Le nombre de genres bactériens identifiés va de 34 à 906 selon l’entreprise.
• Trois genres seulement figurent dans tous les rapports.
• Pour dix-sept des dix-huit genres étudiés en détail, la variabilité due à la méthode égale ou dépasse celle observée entre huit donneurs différents.
• Clostridioides difficile est déclaré présent par trois entreprises et absent par quatre, sur le même échantillon.

Le triplement des envois révèle ce que les deux autres études ne pouvaient pas voir. Chez une entreprise, l’un des trois envois a produit un portrait totalement différent des deux autres, avec plus de la moitié des fragments d’ADN non identifiés. Il a pourtant franchi tous les contrôles qualité et donné lieu à un rapport adressé au client. Le même échantillon a ainsi été déclaré en bonne santé deux fois et en mauvaise santé une fois, par la même entreprise, la même semaine.

3. Pourquoi de tels écarts ?

Parce qu’entre vos toilettes et le graphique en camembert il y a une quinzaine d’étapes, et qu’aucune chaîne de référence n’est universellement adoptée^[4][5][6][7]. Le mode de prélèvement varie, aucun kit ne contient de dispositif réfrigérant, et la méthode employée pour ouvrir les bactéries favorise certaines familles au détriment d’autres.

Le nombre de fragments lus va de moins de 20 000 à plus de 10 millions selon l’entreprise, soit un rapport de 1 à 500. Pourtant, lire davantage ne signifie pas nécessairement trouver davantage : l’une a rapporté plus de 600 espèces avec 20 000 à 30 000 fragments, une autre moins de 100 avec plus de 10 millions. Reste enfin à fixer une règle : en dessous de quelle proportion considère-t-on qu’une bactérie n’est pas là ? Ce seuil allait de 0,1 % à 0,000008 %, autant dire que l’une élimine ce que l’autre conserve^[3].

4. Le problème du microbiote « sain »

Admettons que la mesure soit fiable. Resterait la question la plus difficile : par rapport à quoi la comparer ? Il n’existe pas de définition consensuelle d’un microbiote sain. Sa composition varie avec l’âge, le pays, l’alimentation, les traitements et de nombreux facteurs liés à la personne et à son environnement ; deux personnes en excellente santé peuvent donc avoir des profils très différents^[8].

Les entreprises doivent pourtant produire une comparaison, puisque c’est ce qu’on leur achète. Le groupe de référence peut provenir d’une base interne, parfois constituée à partir des résultats de clients précédents : sa représentativité et l’état de santé réel des personnes qui la composent sont alors incertains. S’il provient de cohortes publiées, les méthodes de prélèvement, d’extraction et de lecture peuvent différer de celles du laboratoire : l’écart présenté comme biologique peut alors mêler votre biologie et la différence de méthode. Dans l’étude européenne, aucune des six sociétés ne décrivait sa population de référence ; les auteurs ne pouvaient donc pas déterminer si elle reposait sur des données publiques ou sur une base interne^[2].

Des équipes travaillent à combler ce manque : des valeurs de référence ont été établies sur 250 échantillons d’une population d’Europe du Sud^[9], et une analyse de 831 échantillons issus de sept pays conclut qu’un déséquilibre marqué peut être repéré sans dépendre du pays d’origine^[10]. Deux réserves sur ce second travail : ses six auteurs sont salariés de la société qui commercialise le test employé, et ce test ne lit pas l’ensemble de l’ADN — il recherche un panneau fermé de quarante-huit cibles définies à l’avance. Qu’une liste fermée de questions donne le même résultat d’un pays à l’autre est plausible ; cela ne réhabilite pas les cartographies complètes vendues en ligne.

5. Et en France ?

Ces tests sont accessibles en ligne, pour certains en pharmacie, et jusque sur les sites de laboratoires d’analyses médicales. Parmi les acteurs du marché français figurent Nahibu, Luxia Scientific avec son test 1test1, ou encore Biopredix. Les tarifs constatés en septembre 2026 tournent autour de 200 € : le kit de la société rennaise Nahibu, analysé en France, est affiché à 199 €, ou 249 € avec une consultation^[11]. Aucun remboursement par l’Assurance maladie n’a été identifié.

Plusieurs de ces sociétés annoncent sur leurs propres pages un réseau de professionnels partenaires, notamment des pharmaciens, diététiciens et naturopathes, chargés d’accompagner le client dans l’interprétation de son rapport^[11]. Cette information mérite d’être connue : le praticien qui propose d’interpréter un test peut être partie prenante du circuit qui l’a vendu.

Une évolution mérite d’être signalée, et elle va dans le bon sens. Certaines sociétés ont nettement resserré leurs promesses : la page produit de Nahibu indique aujourd’hui que l’analyse ne permet ni d’identifier la cause de symptômes, ni de diagnostiquer une maladie, ni de décider d’un traitement. Cette transparence est bienvenue, même si elle réduit fortement les conclusions pratiques que le client peut tirer du rapport.

Enfin, si c’est la curiosité qui vous pousse, le projet Le French Gut, porté par l’INRAE et l’AP-HP, vise à cartographier le microbiote de 100 000 volontaires français d’ici 2027^[12]. Contribuer à une étude publique est une autre façon d’occuper cette curiosité.

6. Ce que disent les institutions

Le consensus a été contesté, et ses auteurs ont concédé le point central

Trois mois après sa parution, des gastro-entérologues indiens ont adressé au consensus une critique dans la même revue^[16] : les différences de composition selon les origines sont insuffisamment traitées, il n’est pas établi que le test remplisse les conditions d’un examen clinique, et un prélèvement unique ne peut capter les variations saisonnières.

La réponse du comité de pilotage, publiée dans le même numéro, est plus intéressante encore^[17]. Ses auteurs y écrivent qu’ils partagent l’avis selon lequel l’association entre microbiote et résultats cliniques reste trop préliminaire pour justifier un usage large des tests, en précisant que cela correspond au premier énoncé de leur propre document.

7. Ce qui existe vraiment et qu’il ne faut pas confondre

« Analyse de selles » et « test de microbiote » ne sont pas synonymes. La microbiologie médicale des selles est utilisée depuis longtemps pour répondre à des questions précises.

• Recherche de Clostridioides difficile : validée et utilisée en routine, selon une procédure en deux étapes : un test de dépistage sensible, puis la recherche des toxines libres, car le portage sans symptôme est fréquent^[19].
• Calprotectine fécale : recommandée pour aider à orienter entre syndrome de l’intestin irritable et maladie inflammatoire^[18]. Elle oriente, elle ne tranche pas.
• Test immunologique de recherche de sang occulte : c’est le test du dépistage organisé du cancer colorectal, proposé tous les deux ans de 50 à 74 ans^[20].

Ces examens répondent à une question fermée : cette bactérie est-elle présente, y a-t-il du sang ou une inflammation ? La réponse peut alors modifier la conduite à tenir. Les tests de microbiote répondent à une question ouverte, « comment va mon microbiote », à laquelle la science ne sait pas encore répondre.

L’application thérapeutique fondée sur le microbiote la mieux établie à ce jour est la transplantation de microbiote fécal dans l’infection récidivante à Clostridioides difficile^[21]. En France, le microbiote fécal a le statut de médicament : il est préparé sous la responsabilité de la pharmacie d’un établissement de santé, et l’Agence nationale de sécurité du médicament encadre la pratique depuis 2014^[22]. Il s’agit d’un traitement hospitalier, et non d’un test.